En la época pre incásica este suelo estuvo habitado por la tribu de los Güizhagüiña, cuyo origen cierto se desconoce. De aquella época se ha descubierto numerosos restos de cerámica y de sistemas de cultivos en terrazas que nos dan una idea del adelanto cultural y técnico al que llegaron los aborígenes, siendo los sucesores de estos, las tribus Paltas y Zarzas.

Con la invasión española a nuestras tierras americanas, que se dio por que los europeos buscaban el país de la canela y motivados por la ambición de encontrar el Oro del que les hablaron los aborígenes ascendieron por el río Tumbes, aguas arriba hasta llegar a orillas del hoy llamado Rio Amarillo en donde encontraron en las arenas grandes cantidades de oro a orillas del rio, allá por el año de 1536. Güizhagüiña es un pueblo forjado con hombres y mujeres que han dejado sentado su nombre en las páginas del progreso, que se funda con el nacimiento de la gran Romería a la Santísima Virgen de los Remedios, allá más o menos por el año 1600, época en la cual comienzan a registrarse las apariciones y los milagros en la laguna que existía en el lugar donde hoy se ubica el parque central de la Parroquia.

En el año 1820, se independiza Zaruma de la Provincia de Loja y se declara cantón con las parroquias Paccha, Malvas y Güizhagüiña, siendo la única parroquia de la Zona Oriental del nuevo cantón. Título a Honoris, sin que se gestionara para que sea reconocida jurídicamente como parroquia rural de Zaruma, más su romería va creciendo de manera significativa y se ve la necesidad de nombrar un síndico quién se encargue de la organización y cuidado de la pequeña iglesia que existía en aquel entonces. Lo que se conoce al respecto es que dicha nominación recayó en un Señor de apellido Carrión, quién por primera vez se haría cargo de la sindicatura.  Para 1895 año en que tuvo auge la actividad minera con el ingreso de la South American Development Company, Güizhagüiña es invadido por personas que se dedicaron a la explotación maderera, convirtiendo los caminos y senderos de herradura en verdaderos ríos de gente que trasladaban en acémilas grandes cantidades de madera que eran adquiridas por la Compañía Americana para la explotación minera. Es así, como se deforestó casi la totalidad de la superficie terrestre de la parroquia.

Este lugar toma renombre porque la insalubridad existente por el calor y la humedad de aquel entonces en el hoy ciudad de Portovelo, sus habitantes y trabajadores mineros sometidos por los conquistadores morían con paludismo y Fiebre Amarilla, sin que los invasores tengan remedio alguno para curar el mal; debiendo acudir  a los médicos de las tribus existentes “Shamanes” o también llamados “Brujos” quienes a base de brebajes elaborados con raíces y plantas originarias del lugar daban remedio a cruel enfermedad que acababa con hombre mujeres y niños que habitaban en la zona.

El primer milagro se dio con un ciudadano que se sintió gravemente enfermo y deicidio trasladarse a pie desde Portovelo hasta Güizhagüiña, para visitar a la imagen de la Virgen de los Remedios, en quien depositado su fe, pero en el camino sufrió un desmayo debido a su enfermedad, al fuerte sol del día, perdiendo la razón la razón a punto de caer inconsciente y despertando luego de varias horas con mucha sed, encontrando un charco de agua producido en el tronco de un árbol, quien con ansiedad se bebió dicha agua, a punto de satisfacer su sed quedándose nuevamente dormido y al despertar sentirse totalmente aliviado, pudiendo llegar a la pequeña iglesia de la Virgen de los Remedios a quien Agradeció por el milagro de sanación y lo divulgo entre amigos y parientes.

Investigado el milagro por los norteamericanos, y la cura hecha por los médicos aborígenes se estableció que, en la zona existía el remedio para curar a miles y miles de personas que padecían de la enfermedad con la explotación de la cáscara del árbol de Cascarilla Amarga o Quinina, la misma que fue explotada en toda la zona de manera irracional llegando a la extinción de esta milagrosa planta.  En 1916 se crea el centro educativo primario Municipal denominado Gabriela Mistral que comienza a funcionar con un profesor unidocente. En los años 1970 se da un fenómeno altamente negativo para esta parroquia y fue el abandono al que estaba sometido el sector rural por parte de las autoridades centrales de los gobiernos de ese entonces, lo cual provoco que muchas familias emigren a otros lugares del país, especialmente Santo Domingo de los Colorados, Zamora Chinchipe, Máchala, Quito, Guayaquil y otros más, quedando la población minimizada en sus sectores sobre todo San Pablo, San Juan de Bellavista, Canelal y el mismo centro parroquial. Existiendo sectores especialmente en Santo Domingo que están habitados en su mayoría por inmigrantes de esta parroquia.  Es el caso de la Cooperativa Orense, que es un potencial agrícola y ganadero en ese sector. Lo cual nos demuestra que nuestra gente llevó en su corazón el amor al agro y la devoción a la Santísima Virgen de los Remedios. Posteriormente en 1975 y luego de algunas gestiones por parte de los moradores de la misma se consigue que el Gobierno Nacional inicie los trabajos de apertura del carretero que hasta nuestros días perdura claro que con algunos cambios. Todo esto permite el ingreso de distintos medios de transporte rápido, que de alguna forma facilitan las labores de sus habitantes que deben salir a Zaruma para cumplir con algunos trámites de ley.

Así como también sacar los productos del campo y abastecer el mercado del cantón. Güizhagüiña empieza a encaminarse por los senderos del progreso y desarrollo. En el año de 1975 con el esfuerzo de todos los habitantes a base de mingas, como ha sido el modelo de desarrollo de la parroquia, desde Portovelo en aquel entonces Campamento Minero, se tendió el servicio de alumbrado eléctrico.  En el año 1992, se elige el Comité del Santuario presidido por el Sr. Manuel Jacinto González comité que en su periodo logro grandes cambios, se edificó la Casa del Peregrino y se remodeló el Templo y convento parroquial, obras de gran envergadura que fomentaron el ornato de la parroquia.  En el mismo año se inició la construcción del parque el que ha tenido muchas remodelaciones pero que nunca ha sido terminado hasta la fecha. Además, en el año 2000, por primera vez el pueblo acude a las urnas para mediante elección libre y democrática elegir a sus representantes: Presidente y Vocales de la Honorable Junta Parroquial. En el 2003 se constituyó gracias  al  tesón y esmero por el engrandecimiento de esta parroquia del Sr. Lcdo. Vicente Macas Pillajo,  la Cooperativa de Producción y Comercialización  Agropecuaria  Unión Ganadera “UNIGAN”. No se puede dejar de nombrar a los ilustres luchadores que son los que pusieron la primera piedra del progreso y la lucha en su mayoría todos fallecidos es el caso de Don Manuel González Montaño, Don Aurelio González Montaño, Don Juan Romero Armijos, Juan Antonio Macas Aguilar, Mateo Ambuludí, Segundo Ambuludí, Juan Macas Suárez, Jacinto Ordóñez, Dr. Francisco Rosales Cárdenas, y de los aún vivos Profesor Ángel Polivio Moreno, Sr. Aparicio Vera, Sr. Manuel Jacinto González, Sr. Celso Gómez Orellana, y de cuantos más que por no existir un documento histórico a lo mejor se omite nombrarlos pero que esta generación hoy y siempre los recordará como paradigmas del progreso y avance que ha tenido este más rico y preciado tesoro que es la parroquia Guizhaguiña.